比对检索工具

基本局部比对检索工具

BLAST(基本局部比对检索工具)查找序列之间的局部相似性区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较,并计算匹配的统计显着性。 BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系,以及帮助鉴定基因家族的成员。

多组学数据分析云平台

生物信息云平台

eGPS是一个进化基因型-表型系统的多功能分析平台,使用户能够进行全面的多组学数据进化分析。

LGC

lncRNA鉴定工具

LGC 基于 ORF(开放阅读框)长度和 GC 含量之间的关系来鉴定 lncRNA。LGC 能够以跨物种方式准确地区分 lncRNA 与蛋白质编码 RNA,不依赖物种特异性训练集,可以实现在从植物到哺乳动物的 lncRNA与蛋白质编码 RNA 的准确鉴定(准确度>90%)。

Ka/Ks计算工具

密码子偏好性计算

KaKs_Calculator采用模型选择和模型平均来计算非同义(Ka)和同义(Ks)替代率,并尝试包含所需的尽可能多的功能以准确捕获蛋白质编码序列中的进化信息。此外,现有的几种计算Ka和Ks的方法也被并入KaKs_Calculator。

CAT

成分分析工具包

CAT是一个运用全新算法,密码子偏差系数(CDC),来估算密码子使用偏好的软件包。与以往的估算方法不同,CDC在估算密码子使用偏好时有效地考虑了背景核苷酸组成,并使用利用自举法来评估密码子使用偏好的统计学显著性。

ParaAT

蛋白比对工具

自动化对蛋白进行比对,然后将蛋白序列结果回译成相应的核酸,实现多组同源编码蛋白质DNA序列的并行比对。ParaAT可大大降低运行时间,适合大规模、同源序列的比对工作。

BS-RNA

RNA亚硫酸氢盐测序数据注释工具

BS-RNA是用于RNA亚硫酸氢盐测序数据的有效制图和注释工具。 它支持从定向亚硫酸氢盐文库进行的双端和单端测序数据比对。 它的注释结果为BED(.bed)格式,包括在+和-链上的位置,序列上下文类型(CG / CHG / CHH,H = A,T或C),参考测序深度,胞嘧啶测序深度以及涵盖的胞嘧啶位点的甲基化水平。 唯一比对率,正确比对率以及模拟数据和实际数据的运行时间的评估结果表明,BS-RNA可以提供RNA亚硫酸氢盐测序数据的快速,准确比对。 使用BS-RNA进行注释的胞嘧啶甲基化与已发表的研究之间的比较还表明,BS-RNA是RNA亚硫酸氢盐测序数据的有效注释工具。

GAAP

基因组组装拼接

GAAP是应用细菌基因组框架结构进行基因组准确拼接的工具,可以将短读长测序数据拼接成基因组完成图或接近完成图