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| 名称 | 新冠基因组浏览器(Coronavirus GenBrowser) |
|---|---|
| 类别 | 基因组组装与注释 |
| 开发者 | 虞达浪，杨潇，唐碧霞，潘逸萱，杨佳宁，段光亚，朱军伟，郝子谦，牟海龙，戴龙，胡王杰，张墨辰，崔莹，金彤，李翠萍，马丽娜，语言翻译小组，苏晓，赵国庆，赵文明，李海鹏 |
| 描述 | 基因组流行病学对于研究 COVID-19 大流行非常重要，超过 200 万个严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 （SARS-CoV-2）基因组序列被存入公共数据库。然而，序列的指数级增长对生物信息学带来了前所未有的挑战。在这里，我们介绍了基于高效分析框架和节点选择渲染策略的冠状病毒GenBrowser（CGB）。总共分析和可视化了 1，002，739 个带有传播相关元数据的高质量基因组序列。核心数据文件的大小仅为 12.20 MB。提供快速可视化模块和丰富的交互操作的SARS-CoV-2进化树。使用CGB二进制命名法来命名每个内部谱系。用户可以自定义过滤筛选用于SARS-CoV-2进化树可视化显示的序列。支持多种进化分析，例如检测进化加速和正在进行的正选择。此外，还识别了在SARS-CoV-2中保留但在其他冠状病毒中不保守的75个基因组位点，可能对SARS-CoV-2具有重要意义。CGB是用Java和JavaScript编写的。它不仅使没有编程技能的用户能够分析数百万个基因组序列，而且还提供了SARS-CoV-2传播和进化的全景视图。 |
| 在线网址 | https://ngdc.cncb.ac.cn/cgb/, https://www.biosino.org/cgb/ |
| 文章发布 | https://doi.org/10.1093/bib/bbab583 |
| 引用次数 | 6 |
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