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名称	CIRI
类别	基因组组装与注释
版本号	v3.0.1
开发者	郑鑫，张金阳，周子菡，赵方庆，高远
描述	CIRI是一个多线程工具，用于环形RNA反向剪接结点（BSJ）的检测和量化。本版本为最新版本，CIRI3。与之前的版本有相同的输入要求，包括FASTA格式的参考序列和BWA-MEM产生的SAM或BAM排列，用于基于BSJ的circRNA的从头检测。CIRI3还有一个可选的输入，为GTF格式的注释信息。该输入可帮助CIRI3根据已知的线性RNA外显子边界进行额外的注释性检测，并可用于对所有circRNA位点的注释。CIRI3适用大规模转录组数据的处理，它具有更有效的内存和磁盘使用。
下载地址	https://github.com/gyjames/CIRI3
文章发布	https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-014-0571-3
引用次数	863

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